Ayvalık ilçesinde 1850 yılında Agios İanni Kilisesi olarak inşa edilen yapı, 1928 yılında camiye dönüştürüldü.
Saatli Cami'nin en son 2007 yılında bakım gören bozuk saati, Vakıflar Bölge Müdürlüğü sorumluluğunda bir hayırseverin desteği ile İzmir Saat Kulesi'nin bakım sorumlusu Fethi Pamukoğlu tarafından yapıldı.
Saatin kurmalı olan sistemi, elektromekanik sistem olarak değiştirildi.